no entiendo muy bien, te refieres a los plasmoids? los accesos directos? borralos y vuelve a arrastrarlos al escritorio,
aunque... por lo que comentas de sudo nautilus puede ser por un tema de permisos.

concreta un poco porfa que no te acabo de entender

Por escritorio me refiero a donde se encuentra el fondo de pantalla y los accesos directos, excluyendo paneles, menús y demás historias.

Si entro en el menú y sobre cualquier aplicación hago: "Añadir este lanzador al escritorio", se añade a la carpeta /home/minombre/Escritorio, pero NADA de lo que hay en esta carpeta se muestra en el escritorio.

Ha sido todo después de actualizar a Jaunty.

No sé si me explicado mejor ahora...

Edito:
Si escribo "sudo nautilus" salen los lanzadores de "root"
Si escribo "nautilus" salen mis iconos, y en el momento que cierre la terminal, desaparecen de nuevo.

Escritorio al arrancar:

Escritorio después de escribir "nautilus" en la terminal, y contenido de la carpeta "Escritorio"

mmmm, tienes instalados ambos escritorios? kde y gnome?

Prueba con esto:

apps > nautilus > preferences > show_desktop tendría que estar activado.

shaola, sí tengo los dos escritorios, que aún no me decido, además me ha venido muy bien cuando el kde ha dicho de "desaparecer", al menos no me quedo colgada.

blackhalo, esa opción está activada.

He encontrado esto: http://plagatux.es/2007/11/iconos-de-escritorio-desaparecidos/

Pero no encuentro la opción de las sesiones, ¿dónde está?

Han cambiado el nombre, lo que buscas está en Sistema -> Preferencias-> Aplicaciones al inicio.
En la pestaña Opciones, marca la casilla para recordar la sesión.

Gracias, lo encontré.

No sé si será LA solución, pero es una solución, ya se quedan los iconos y la funcionalidad del escritorio.