Pues tendrías que especificar un poco más eso de "macarronicas"

Tal vez sea que cuando lanzas una aplicación como root te sale con la decoración por defecto del usuario root (la que trae por defecto Ubuntu). Una cosa que puedes hacer, si es esto a lo que te referías, es crear vínculos entre tu usuario y root para que este tome por defecto la decoración actual que tu tienes.

sudo ln -s /home/USUARIO/.themes /root/.themes
sudo ln -s /home/USUARIO/.icons /root/.icons
sudo ln -s /home/USUARIO/.fonts /root/.fonts

Cambiado USUARIO por el nombre de tu cuenta.

Un saludo.

Gracias por responder, buen eso de "macarronico" biene a decir como un poco raro tirando a feo.
Cuando pico en Apariencia tengo varios temas instalados que he ido descargando de la pagina gnome-look y algunos me funcionan bien, por ejemplo el que tengo ahora es "Moomex" y con iconos "human O2" y se integra perfectamente, y como esto de cambiar de apariencia en como cambiar de camisa he ido instalando varios temas más algunos bien y otros no tanto pues hay ciertas aplicaciones que se quedan como he comentado antes así como si fuera el güindos 95 (ejemplo synaptic) un ejemplo es el dust.
Tambien hasta hace poco instale el tema GTK Aurora.
Cabe decir que en algunos temas que instalo, en la ventana de Apariencia me dice esto: (me sale un icono de un triangulo con el simbolo admiración) "El tema no se mostrara como se pretende porque el motor GTK+ necesario no esta instalado"

Saludos

Bien, son 2 cosas distintas.
El tema de las Gtk es eso, que te falta el motor Gtk necesario para ese tema. Muchos los puedes bajar desde Synaptic pero OJO, que no todos funcionan bien en Ubuntu. De hecho, si intentas instalar el motor ubuntulooks Synaptic te dice que te borra Gnome! (es decir, antes instalar cualquier cosa, leete bien la info que te suelta). Tambien te puedes bajar desde Synaptic un programa que se llama Gnome-art (creo ).

Dicho esto. Todos esos temas se aplican a tu sesión, pero cuando lanzas algún programa como root (es el caso de Synaptic) lo estarás ejecutando como otro usuario (root) por lo que tomará el aspecto que tenga este usuario en sus temas. Para que sean iguales puedes crear los vínculos que te indiqué antes.

Un saludo.

Gracias blackhalo, he estado experimentado un poquito, y gracias por el aporte de tuyo. Se que root y Usuario son dos cosas muy diferentes en Linux (en este caso Ubuntu) pero desconocia que los temas que yo puesiese en usuario no afectaria a root.
Cada dia aprendo alguna cosa con Ubuntu.

Saludos.

A mí la aplicación de Synaptic y alguna otra siempre me han aparecido con el aspecto tosco que dices y no he tenido manera de cambiarlo ni como root. Creo que es inherente a la aplicación.

La cuenta de root viene desactivada por defecto en Ubuntu para que no se pueda ingresar como root al sistema, pero si que existe una cuenta. Y como tal tiene su propio entorno gráfico, completamente distinto al de tu usuario (es como crear un usuario nuevo, tendrías que modificar la apariencia aparte) y su propio entorno de consola.

Primo Ralsa, ¿has probado creando los enlaces que puse? Si quieres abre un hilo y veremos como poner tu cuenta de root menos "tosco"

Un saludo.

Hombre, no es algo que me quitase el sueño pero ya que lo dices no te voy a decir que no ;-) .

Probé los enlaces que dices pero no ha pasado nada.

PD:
¿Es preciso abrir hilo? Sigue estando dentro del tema del título ¿no?