Bueno me voy respondiendo con las novedades que encuentre por si teneis alguno algo que comentar.

Aprovechando que no hay mucho jaleo en mi curro, he estado mirando y he encontrado algo que quizas sirva en mi caso, aunque lo tengo que mirar cuando llegue a casa.

Se trata simplemente de entrar en el Administrador de opciones de CompizCompig, buscar el plugin de Decoración de ventanas dentro de Efectos, y una vez abierto en el campo comando poner:

/usr/bin/emerald--replace

como decia probare a ver que pasa.

Hola de nuevo

Al final no hice esta sustitución porque vi que ya estaba ocupado el comando con /usr/bin/compiz-decorator, y además no tenia el archivo emerald en /usr/bin al que hacia referencia esa sustitución. Pense que mi compiz funcionaba perfectamente una vez seleccionaba los efectos "extra", y que la solución no deberia venir por ahi

He probado a ejecutar en consola, que lo vi tambien por ahi, el comando compiz& y funciona de maravilla, en un segundo aparecen los bordes y se cargan los efectos extra.

Me da la impresión que lo que me pasa es que hay algo que ya no se carga en las configuraciones al arrancar el equipo,lo que no se es porque si se carga en el equipo de mi hija, y en el notebook que tengo.

En fin, si alguien me puede orientar de como hacer para que se ejecute este comando en el inicio, le estaria muiy agradecido y daria el problema por resuelto.

Buenas aforados

Intente crear la aplicación al inicio introduciendo solo el comando "compiz&" pero no me hace caso. No se exactamente como lo he de hacer para que funcione.
Si meto ese comando en consola en un segundo se arregla diciendo esto al final:
Starting gtk-window-decorator

No os doy mas la lata de momento.

Un par de cosas.

Para ejecutar un comando en segundo plano la orden es "comando &" con un espacio.
Lo que te está ocurriendo (creo) es que compiz intenta cargar la configuración antes de lo debido o que te esté dando algún tipo de incompatibilidad.
Si es lo segundo prueba con esto:

Si es lo primero, puedes crear un script que ejecute compiz con el comando sleep (man sleep) para que se cargue algo después.

Si usas fusion-icon los datos que tienes que introducir en Aplicaciones al inicio son:
Nombre: Compiz Fusion (o el que te de la gana)
Comando: fusion-icon
Comentario: ...

Prueba con algo de eso.

Suerte.

Hola buenos días y gracias por tu respuesta

No uso fusión icon. De todos modos como el comando "compiz&" (en mi caso sin espacio además) me funcionaba de maravilla via terminal, ayer al final siguiendo instrucciones similares que vi por ahi, cree un archivo con el editor de texto con ese comando guardandolo como .sh, le di permisos de ejecución, y cree un aplicación al inicio que cargase ese archivo. Funciona perfectamente, ya me salen las ventanas con bordes y efectos desde el primer momento, y no se aprecia que se tarde más en mostrarse el escritorio, de hecho cuando lo uso en modo consola tardaba un segundo.

Como esto funciona solo para mi usuario, según vaya usando los otros 2 que tengo y que no entro nunca lo apaño igual.